发明专利实质审查程序如下：

(1)对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改；审查员发出通知书(审查意见通知书、分案通知书或提交资料通知书等)和申请人的答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回；

(2)对经实质审查没有发现驳回理由，或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的专利申请，审查员应当发出授予发明专利权的通知书；

(3)专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列情形的缺陷的，审查员应当予以驳回；

(4)申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书等逾期不答复的，审查员应当发出申请被视为撤回通知书。

此外，根据需要，审查员还可以按照本指南的规定在实质审查程序中采用会晤、电话讨论和现场调查等辅助手段。